Sõjamäe asum sai oma nime Jüriöö ülestõusu otsustava lahingu järgi. Arvatakse, et keskaegsete eestlaste ja Liivi ordu vahel 1343. aastal toimunud lahingus hukkus üle 3000 võitleja (sündmuse mälestuseks rajatud park paikneb Ülemiste asumi territooriumil). Siit ka paiga nimi, mille hilisemad sakslastest ametnikud ilmselt valesti kirja panid. Mitme sajandi vältel leiame allikatest Sõjamäe asemel ka toponüüme Seamägi või Schweinsberg.
1817. aastal rajati praeguse Ülemiste lennujaama maandumisraja asukohale suvemõis. Mõisa omanik oli linnalihunik Johann Weimar ja mõisa nimeks sai Weimarshof. Asustus oli hõre, kuna isegi mõned kümnendid tagasi oli suur osa Sõjamäe ümbrusest kaetud turbarabaga.
Alates 1960. aastatest ehitatakse endise raba alale tööstushooneid. 20. sajandil oli üks kuulsamaid Sõjamäe asumi asukaid Johannes Hindi rajatud konstrueerimisbüroo Desintegraator. Omal ajal oli see unikaalne terve Nõukogude Liidu kontekstis nii uuenduslike ehituses kasutatavate tehnoloogiate kui ka lääneriikidega koostöö poolest. 1980. aastatel ettevõtte areng seiskus seoses Hindi poliitilise kohtuprotsessi ja järgnenud surmaga vanglas.
